前置詞 by については、基本は 「そばにあるもの」を表すイメージですね。
ここから派生していろんな意味を表すので、下で詳しく確認しましょう!(日本語の分類はどうでも良いので、この根本のイメージから連想できるようになっておきましょう)
これは中学校の頃からおなじみです。
I go to school by bus.
(バスで学校に行く)
交通手段には by が用いられることが多いですが、「徒歩で」は on foot を使うのでしたね。on の辞書をチェック!
また、bus に冠詞がつかない理由は、冠詞の辞書をチェック!
I will fly to Alaska by San Francisco.
(サンフランシスコ経由でアラスカに飛ぶ)
この意味だと、via(〜経由で)もよく使います。
少しずつムリヤリ感が出てきますが、単位を測るもの(カゴとか重量形とか)はそばにあるということで、単位も表せます。
Pencils are sold by the dozen.
(鉛筆はダース単位で売られる)
そばにあるということは、見方を変えれば対象となるものとの間に差があるということなので、「差」も by で表せます。
He missed the last train by two minutes.
(彼は2分の差で終電を逃した)
by は、いついつまでに、という時間的な期限も表すことができます。これも、期限のそばで動作が行われることから納得できますね。宿題を締め切りギリギリで出すようなイメージです。
Submit the report by 15:00 today.
(今日の15時までにレポートを提出しなさい)

時間的な「〜まで」という意味を表す前置詞は、by の他にも、until などがあります。
これらの使い分けも頻出なので、押さえておきましょう!
簡単に言ってしまうと、by は「〜までに」、until は「〜まで」 という日本語に対応します。
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